憲法法庭在判決理由中指出，藍白黨團修正《憲法訴訟法》的相關規定，已嚴重違反憲法的權力分立原則。大法官強調，立法院雖是憲法設置的立法機關，依法享有制定與修正法律的權限，但立法權源自憲法，受憲法拘束，不能用修法干預其他憲法機關的職權運作，更不能賦予憲法未明文規定的義務，否則就算逾越憲法職權。
判決還點出，總統作為憲法機關，地位與職權屬於「憲法保留事項」，除非憲法明文規定或授權，立法院不得以法律要求總統為或不為一定行為，也不得對總統行使憲法職權另加限制。大法官認為，系爭條文之一以法律課予總統憲法未規定的義務，已逾越立法院權限，侵害總統憲法職權、違反權力分立原則。
針對憲法法庭的運作，大法官指出，憲法設置大法官制度的本旨，在於確保憲政秩序持續運作，不應該因政治僵局中斷。然而，修正後的新法卻將大法官評議門檻改為「至少10人」，未考量實務上大法官人數可能因任期屆滿、提名未過而不足的情形，導致在僅剩8名大法官時，憲法法庭完全無法開會或作出判決，實質癱瘓其憲法職權。
大法官直指，憲法不可能容許政治部門一方面掌握大法官提名與同意權，另一方面再透過修法設定僵硬的人數門檻，讓憲法法庭因人數不足而停止運作；此舉已對憲法機關的正常運作造成實質妨礙，嚴重違反權力分立。
此外，判決也批評新法將案件是否受理，與實際參與評議的大法官人數直接掛鉤，甚至可能使修法前已受理的案件被迫不受理或停審，其實癱瘓的，是人民基本權力救濟權益。
因此，憲法法庭認定，相關條文合併適用下，已構成對總統與大法官等憲法機關職權的重大侵害，破壞權力分立與制衡機制，因此宣告違憲，並自判決公告日起失去效力。
