近期文化大學新聞系教授莊伯仲接受《中評社》訪問時指出，馬英九基金會的大九學堂本是兩岸青年交流第一品牌，但在人事風波後已全面終止兩岸交流事務。他坦言，人事風波讓兩岸青年交流量能減損，而陸方近期推出的惠台措施，也建立國共青年交流機制化平台，顯然馬英九基金會兩岸青年交流平台功能已被取代。
馬英九基金會今發布聲明，表示「針對有些媒體報導馬英九基金會因近期的財政紀律案，兩岸交流的工作會受到衝擊、中斷，此與事實不符。」
聲明強調，事實上董事長馬英九認為兩岸交流非常重要，在九二共識的基礎上，馬英九基金會這幾年多次推動兩岸青年交流與互訪，已建立穩定的基礎。戴遐齡表示，本會待財政紀律案結束後，兩岸交流就會繼續進行。
