彭文正2019年向台北地院提出「確認博士論文不存在之訴」，北院審理認為，彭文正僅就蔡英文是否取得博士學位進行事實確認，而非請求確認法律關係，不符民事訴訟法要件，2020年1月駁回。
北院更一審 判彭文正敗訴
彭文正上訴，高等法院認為北院訴訟程序有瑕疵，廢棄發回更審，北院更一審重新分案審理，仍由原本的張詠惠法官審理。北院更一審認定，蔡英文確實撰寫博士論文，經該校審核通過，具有倫敦大學政經學院博士學位，判彭文正敗訴。
彭文正再上訴，高等法院審理後認為，彭文正指控論文不存在，是事實認定，並非法律關係，並不能免除彭面臨刑事訴追處罰的可能性，無從確認對彭的利益，判決敗訴。案件再上訴到三審，最高法院駁回確定。
控告偽造文書也吞敗
刑事部分，彭文正指控蔡英文未取得博士學位，卻將研究計畫、綱要等裝訂送件國家圖書館，自訴涉偽造文書罪嫌。案經一、二審審理，法院均判決不受理；彭文正再上訴，仍被最高法院駁回，全案不受理確定。
