熊本醫療體系重創 43家醫療機構受災
根據日媒日本放送協會（NHK）報導，日本政府目前正在透過災害醫療資訊共享系統「EMIS」掌握各醫療機構狀況，並由災害派遣醫療隊（DMAT）熊本縣內隊伍投入支援，在眾多受災醫療機構中，位於宇城市松橋町的熊本南醫院災情最為嚴重。院方表示，地震發生前院內原有約80名住院患者，且大多都是高齡患者，但強震導致全院停電後，醫院功能全面癱瘓。
為了確保患者安全，院方第一時間決定將所有住院患者緊急轉送至其他醫院，由於擔心餘震持續發生，醫護人員先是將病床搬到院外，並鋪設臨時床墊，讓患者在戶外等待轉送。熊本南醫院行政部主任表示，目前最大的困難是尋找能夠接收患者的醫院：「現在就像一座野戰醫院，我們一直在尋找能接收病患的醫院，但不知道是否能找到。」
院方也指出，院內仍有部分患者仰賴人工呼吸器維持生命，目前只能依靠2台緊急發電機勉強維持呼吸器及其他生命維持設備運作，但發電機燃料只剩約3天的存量，成為院方最擔憂的問題之一。
截至28日晚間10時，除了熊本南醫院，御船町希望之丘醫院及八代市八代更生醫院皆已無法繼續提供醫療量能，因此同步啟動「院際轉送」機制（Hospital-to-Hospital Transfer），其中熊本南醫院已陸續將127名住院患者轉送至其他醫院，停車場內不時可見福祉計程車與救護車進出，院內的醫師與護理師也持續協助患者上車。
熊本南醫院事務部長內枦保雄一表示，地震發生當下，醫護人員第一時間先確認所有使用人工呼吸器患者的設備是否正常運作，並協助能自行行走的患者撤離至戶外：「雖然情況遠超過原先預想，但希望能將剩餘患者安全完成轉送。」截至目前為止，尚未傳出患者因轉院過程導致病情惡化。
400床全滿了！急診量能飽和暫停收治
另一方面，熊本市南區的濟生會熊本醫院則成為收治大量傷患的重要據點，截至28日晚間10時許，已有84名地震傷患接受治療，其中至少1人失去意識。院方表示，因家具倒塌造成骨折等外傷患者持續湧入，400張病床幾乎已滿，院方也在積極與鄰近醫院協調分流患者。
雖然濟生會熊本醫院也有出現漏水、外牆受損等災情，所幸目前尚未影響醫療運作，但因周邊部分醫院已停止服務，也有不少民眾前往醫院，希望補開平時服用的慢性病藥物。對此，為了維持醫療量能，院方宣布29日除了緊急患者外，將關閉一般門診，原定住院計畫也全面暫停，醫院也已緊急召回休假中的醫師及護理人員，全力應對急診病患。
熊本縣各地醫療機構也陸續傳出滿載情形，宇城綜合醫院截至28日晚間9時已收治40名傷患，其中10人經檢傷分類判定為重傷，由於急診量能飽和，院方已暫停接收新的急救患者；冰川町八代北部地域醫療中心截至晚間9時30分也已收治約80名傷患。
熊本市東區的熊本紅十字醫院則表示，截至28日晚間8時50分，共有11名患者由救護車送抵、46名民眾自行就醫，傷勢包括骨折、挫傷及燒燙傷，所幸醫院設備及水電系統目前都在正常運作，因此醫療未受影響，但為保留災害醫療量能，院方也宣布自29日起至7月31日暫停一般門診及原定住院收治。
停電導致冷氣、照明全停擺！高齡病患疑因高溫出現中暑症狀
位於宇城市的櫻十字熊本宇城醫院則因水槽損壞、停電，導致無法供水，還得依靠緊急發電機維持供電。讓人憂心的是，院內約240名住院患者大多為高齡患者，但因停電關係導致冷氣全面停擺，已有數名患者疑似因高溫出現中暑、發燒症狀，院方目前只能以口服補液鹽等方式處置，同時向同集團醫院緊急調度飲用水等救援物資。
另外，由於熊本大學醫院建築並未受損、狀況較為良好，院方已決定接收熊本縣南部受災醫院轉送的患者，並宣布除了緊急患者，原則上暫停住院及非緊急手術，以集中醫療量能支援災區，門診則維持正常看診。熊本縣兒童綜合療育中心則因停電導致照明及冷氣全面停止運作，雖然院內兒童及工作人員均未受傷，但目前已全數撤離至停車場避難，等待電力恢復。
