不起訴處分指出，劉冠軍於1994年至2000年間，利用負責國安局專案經費之機會，侵占經費孳息等款項，涉犯《貪污治罪條例》侵占公有財物罪嫌。由於該罪為無期徒刑或10年以上有期徒刑之重罪，依修正前刑法規定，加計因通緝而停止計算之期間，追訴權時效為25年。經檢方計算，劉男犯罪行為終了日為2000年5月22日，加計時效及偵查期間85日後，追訴權時效於2025年8月14日期滿，因此依法不起訴處分。
雖然刑事追訴期限已到，但士林地檢署依2016年7月1日修正施行的刑法沒收規定，向士林地方法院聲請單獨宣告沒收劉男的犯罪所得，法院於2022年4月裁定准予沒收確定。士檢隨即囑託法務部行政執行署士林分署與台北分署，展開相關變價及追徵程序。
在扣案股票及銀行資金部分，士林分署與被害人國安局召開聯繫會議後，委託證券商將劉男名下遭查扣的聯電19萬837股、台積電20萬8309股、華邦電46萬3669股、云辰9萬9858股等4檔上市股票，於5個營業日內分批完成變賣，得款1億2904萬6531元，加上股票減資款與歷年股票股利，股票變價總計取得1億4081萬879元。再加計劉冠軍銀行帳戶存款1257萬98元，此部分共追徵1億5338萬977元。
另在不動產部分，劉男當年以犯罪所得3815萬5000元購入台北市房產，於沒收裁定確定時移轉為國家所有，後由台北分署辦理強制執行拍賣，於2024年7月間以4217萬5000元拍定。
士林地檢署表示，本案透過股票變價、財產追徵及不動產拍賣，總計幫國庫追回1億9555萬5977元。士檢強調，未來將持續落實沒收及追徵制度，強化偵查中查扣變價機制，以維護司法公信與社會公義。
