這項制度從2019年實施，原意是為了在保護原廠藥品專利與鼓勵學名藥進入市場之間取得平衡。但學名藥協會指出，制度上路以來反而使許多學名藥上市困難，導致藥品選擇受限，國產藥業也受到影響。
學名藥協會理事長陳誼芬指出，台灣有83%的藥品許可證是國產藥品，卻僅拿到不到3成的健保藥費預算。她認為國產藥面臨法規嚴格、環境動盪、經營挑戰、市場競爭、品質與信心不足，以及地緣政治緊張等6大挑戰，因此呼籲政府部門正視學名藥發展的瓶頸。
制度問題之一在於，當國內藥廠申請學名藥時，需針對原廠藥的專利狀態進行聲明，並通知原廠，原廠可在45天內提起專利訴訟。即使藥廠最終勝訴，也可能因為長時間的訴訟過程，導致產品無法順利上市。根據歐盟經驗，類似制度曾導致學名藥上市延遲近7年，損失超過30餘億歐元。
此外，協會也呼籲應該加速藥證與藥價平行審查，並補助有必要性的學名藥開發，才能讓民眾在未來有更多選擇、用藥更有保障。
公共事務委員會主委殷為瑩補充指出，目前健保支出中，許多過了專利期的原廠藥仍占多數，增加了供應風險。在國際局勢動盪的情況下，許多國家都已轉向支持在地藥品生產，台灣也應未雨綢繆。
她呼籲政府成立「藥品供應韌性小組」，並在生技醫藥產業發展條例中新增支持國產藥品的專章，或在特別預算中納入支持在地製藥項目，讓台灣藥品供應更加穩定、安全。