檢方調查指出，馬太鞍溪堰塞湖當時已出現溢流危機，相關單位多次示警並發布紅色警戒，要求地方政府擴大撤離範圍並執行強制撤離。然而身為地方防災指揮核心的光復鄉長林清水等人，明知災情危急，卻未依指示落實撤離作業，反而怠忽職守。
起訴書指出，林清水在應全力投入防災工作的關鍵時刻，仍處理個人植牙私務，未積極督導撤離作業，甚至與王姓課長合謀浮報撤離人數，製作不實撤離統計資料粉飾太平；張姓秘書也配合相關作業，未確實督導災害應變措施，導致多名居民未能及時撤離。
檢方認為，3人身為地方公務要職，本應肩負保護人民生命財產安全及防止災害擴大的法定責任，卻在災害迫近之際廢弛職務，導致19名民眾逃生不及慘遭洪水吞噬，嚴重破壞公務體系信譽與社會信任。
檢方也指出，3名被告在偵查過程中多所推諉、飾詞狡辯，對於造成的重大傷亡始終未表歉意，犯後態度不佳。為維護法治紀律並撫慰被害者家屬，檢方因此建請法院從重量刑，對林清水量處公務員廢弛職務釀成災害罪法定最重刑度10年徒刑，張姓秘書與王姓課長則各求刑9年，以示懲儆。
