翁曉玲上任以來爭議不斷，她近期因刪凍總統府國務機要費3千萬元，衝擊庇護工場中秋禮盒訂單，掀起朝野激烈攻防，也引發黨團內部不滿，一度傳出有黨內人士希望翁曉玲「安靜一點」，黨團總召傅崐萁甚至曾親自致電要求她「閉嘴」。
爭議落幕後，立法院新會期開議，行政院長卓榮泰依循往例赴立法院進行施政報告，後續也將進入總質詢階段。不過，這次國民黨團27人「政黨質詢」名單中，卻罕見未出現翁曉玲的名字，遭外界解讀是遭黨團刻意噤聲。
對此，國民黨團首席副書記長洪孟楷昨受訪表示，自己完全沒有聽到這樣的事情，即便是黨團三長也都要抽籤，公平公正的進行抽籤程序，但黨團有保留名額給黨團三長使用。
此外，立院人士也說明，因為政黨質詢名額有限，每會期都需要抽籤，翁曉玲這次也依程序登記，但因為沒有抽到籤，才沒出現在名單上，翁後續則將依照教文委員會的組別形式進行質詢。
