受招待稱兄道弟 執法立場嚴重偏頗
檢調查出，劉錦勳與市調處同仁長期接受三顧公司副董事長陳宗基的飲宴、打高爾夫球及演唱會門票等餽贈招待，私交相當密切。劉錦勳甚至多次率領中正站同仁參加三顧公司的尾牙活動，在場合中與陳宗基稱兄道弟，完全逾越執法人員應有的工作分際與立場。當三顧公司因利益糾紛欲對前董事長、吹哨者楊智惠進行報復時，公權力隨即遭到操弄與武器化。
空橋逮捕與上銬16小時 近似酷刑動用私刑
為配合三顧公司提告，劉錦勳等人採用極具爭議且罕見的手段辦案。當楊智惠從日本搭機返抵松山機場時，調查局人員竟直接在空橋將其大動作逮捕。逮捕過程中，調查人員不僅未完整告知罪名與法定程序、未出示搜索票，還在其住處梯廳進行拘提，並對其隨身行李、手機與筆電實施附帶搜索。
楊智惠更遭調查局上銬長達16個多小時，在近似酷刑與私刑的狀態下接受不當訊問，企圖逼迫其屈服。事後楊女向法院聲請提審獲釋，該起違法逮捕事件被列為當年度「十大違反人權事件」，監察院隨後也對檢調系統的重大違失提起糾正。
未立案先鑑識 洩漏偵查報告給企業提告
這起司法追殺過程漏洞百出。台北市調查處最初欲以違反《營業祕密法》報請立案，但因三顧公司遲遲無法補正相關資料與證據，局本部及北市處皆認為證據不足而無法立案。隨後三顧轉而要求朝《刑法》妨害電腦使用罪方向調查，劉錦勳竟全力配合。
在案件尚未依法簽准立案前，劉錦勳即帶著弟子調查官林廷祐前往三顧公司，對楊智惠的筆記型電腦製作「數位證據檢視報告」。更離譜的是，劉錦勳未經正常程序，私下將該份屬於偵查秘密的鑑定報告交付給三顧總管理處長文懿，讓三顧憑藉該資料補充提告超基因公司，違法圖利業者。
檢方起訴求刑8年 吹哨者提國賠全數捐公益
台北地檢署偵查後認為，劉錦勳涉嫌圖利及洩密事證明確，依圖利等罪起訴並求刑8年；同案調查官林廷祐因洩密認罪獲緩起訴處分；接獲洩密資料的三顧總管理處長文懿亦遭北檢起訴並求刑1年。
面對長達3年多的司法追殺與折磨，楊智惠已正式向調查局提出500萬元的國家賠償訴訟。楊智惠在法庭上哽咽表示，未來不論法院判決獲賠多少金額，她都將全數捐給庇護工場做公益，只求釐清事實真相，並呼籲建立健全制度，不讓國家公權力再次成為企業栽贓嫁禍的私刑工具。
