本屆亞運並未興建單一選手村，而是採取分散式住宿方案。大會預計以現有飯店安置約9000人，另安排約4000人入住義大利大型郵輪「歌詩達莎倫娜號」（Costa Serena），還有約2000名選手及隊職員入住名古屋港碼頭區的貨櫃屋。
然而，各國代表團從報到階段便狀況不斷。日本代表團副團長水鳥壽思在記者會上透露，郵輪選手村開放後，部分選手因出入證件啟用出現問題，辦理入住時等待數個小時，房間分配也嚴重失控。
水鳥壽思表示，曾發生教練、隊職員及選手被安排同房的案例，甚至有一組由5名男性、5名女性組成的團體，主辦單位只按照總人數分配5間雙人房。
「帳面上的數字看起來正確，但實際上卻會變成男女必須同房，或教練與選手住在一起。」水鳥壽思指出，也有需要存放大量醫療器材的防護員，被安排與其他人共用房間。
住宿亂象也波及外國代表團。根據印度體育媒體《Sportstar》報導，印度代表團因註冊系統出錯，在機場滯留多時，部分選手等待數小時仍未獲安排住宿，最後只能直接睡在地板上；接駁巴士前往訓練場時也頻頻迷路，嚴重影響備戰。
貨櫃式住宿的環境同樣引發批評。韓媒《Sportal Korea》以「既然如此，日本為何要辦？」為題砲轟大會，指出港口旁的貨櫃屋空間狹窄，床鋪小到讓選手難以入睡，房內甚至發生漏水，連飲食與交通都成為問題，根本稱不上國際級賽事。
就連地主日本也被迫尋找退路。日本奧林匹克委員會（JOC）已重新協調房間配置，並考慮啟用事先在名古屋市區保留的飯店客房，作為替代住宿地點。
水鳥壽思表示，目前住宿量能已緊繃至極限，代表團正盡可能進行協調，「如果真的難以調整，也會考慮使用日本代表團事先保留的備用住宿。」
組委會解釋，原先預估本屆亞運約有1.5萬名選手及相關人員參加，但8月中旬臨時增加臺克球（Teqball）及配鬪球（Padel）兩個正式項目，參賽規模因此擴增至約1.7萬人，住宿量能也逼近極限。
亞運組委會先前曾與亞洲奧林匹克理事會（OCA）發布聯合聲明，承諾為所有參賽者提供住宿；OCA甚至宣稱，本屆賽事將是「數代以來最宏大的一屆亞運」。然而，如今住宿、報到及交通問題接連爆發，也讓標榜「選手優先」的大會成為外界箭靶。
日本網友對此看法兩極。有人認為，距離開幕僅剩約1個月才臨時新增項目，人數從1.5萬人增至1.7萬人，任何主辦國都可能面臨困難，不應將責任全推給日本；不過也有人批評，若連基本營運都無法妥善完成，「還不如把場館拿去舉辦演唱會」。
隨著亞運開幕進入最後倒數，主辦單位能否在短時間內改善住宿及交通亂象，避免後勤問題持續干擾選手備戰，也成為賽場之外的關注焦點。
