週刊報導指出，台南衛生局今年5月據報後曾突擊稽查，當時新化衛生所現場庫存僅剩5支，其餘775支藥品流向全數成謎。而衛生所對於這批去向不明的藥品，也無法提供任何完整的醫師處方箋、病歷紀錄或調劑給藥資料，究竟發給了誰、收取多少費用，通通「查無紀錄」，衛生局因此在稽查後依《藥事法》對吳政達裁罰10萬元，但輕輕放下的懲處結果卻引發基層衛生人員譁然。
面對衛生局調查，吳政達解釋該批藥品雖以衛生所名義訂購，但資金全由他個人支付，購入後均以「成本價」轉供親友與同事使用，絕無從中牟利。但基層人員質疑，藥商依法不得私下販售處方藥給個人，若非掛著公立衛生所招牌根本無法大量採購。在缺乏處方與診療紀錄的情況下，地方主管機關若僅以一張罰單結案，恐難平息外界疑慮。
