自2019年從香港流亡至台灣的林榮基去年因肺腺癌復發暫時關店養病，但病情始終未見好轉，並在7月2日晚間於台北馬偕醫院辭世，享壽70歲。台北濟南教會今舉辦林榮基告別禮拜，包括行政院長卓榮泰、陸委會主委邱垂正、內政部長劉世芳等人皆前往悼唁。
邱垂正受訪時表示，林榮基2019年移居台灣，但他在香港經過幾次震驚的「銅鑼灣書店事件」，遭到中共長期關押，後來逃出後毅然揭發中共的惡行。2019年中共推行港版《國安法》，林榮基在實施前就到台灣來，幸免於難，並歷經艱辛在台灣成立銅鑼灣書店，成為自由的象徵。
邱垂正提到，林榮基常常說，台灣的自由、民主、人權、法治非常珍貴但不是垂手可得，必須要好好呵護。而銅鑼灣書店重新在台灣開設，對林榮基不只是一個希望，更是對台灣的警醒。
邱垂正透露，他和陸委會同仁常到書店與林榮基互動，他認為林榮基不只是在賣書，而是宣揚書中闡述的理念，「用他的方式來守護台灣的自由民主價值跟生活方式」。
對於林榮基長期挺身對抗權，終身奮鬥自由的努力，邱垂正表示，「我們對林榮基先生致上最高的敬意，以及最深切懷念。」
