食藥署指出，本次檢驗樣本是於7月6日赴雲林縣肉品市場抽驗、並於7月1日屠宰的羊肉保留檢體。初驗結果於7月22日出爐顯現異常，食藥署隨即聯手環境部、農業部及地方政府啟動跨部會調查。
經最終確認，該羊肉的戴奧辛含量檢出值高達4.6 pg/g fat（羊肉法定限值為 2.5 pg/g fat）；而戴奧辛與戴奧辛類多氯聯苯的含量總和則為6.1 pg/g fat（羊肉法定限值為 4.0 pg/g fat），雙雙超出「食品含戴奧辛及多氯聯苯處理規範」的法定標準。
農業部防檢疫單位調查發現，該超標屠體雖然是以「雲農畜牧場」名義進行屠宰，但實際飼養者為一名李姓個案。李君實際飼養羊隻約8隻，規模雖未達應辦理畜牧場登記的標準，但其開立的健康聲明書有疑似冒用他人畜牧場名義之嫌。雲林縣動植物防疫所為求慎重，已於24日晚間將全案移送檢調單位偵辦。
在污染源追查方面，環境部與雲林縣政府赴現場勘查後表示，該養羊處周邊1公里內並無列管的戴奧辛固定排放源，且羊隻飼養區域為水泥鋪面、未直接接觸土壤，飲水則是抽取地下水。環境部目前已針對鄰近土壤、地下水及現場空氣進行介質採樣，預計下週完成檢驗以釐清污染來源。
針對民眾最關心的食安流向，食藥署與地方政府強調，該批問題羊肉在出貨前即被攔截，確認並未流入市面。不過，由於「嘉南羊乳」曾使用過涉案雲農畜牧場的生羊乳，衛福部為求保險已啟動預防性下架措施，目前已下架4公噸的相關乳製品，相關食安風險已獲得即時掌控。
