為了偵辦郭信良被控公益侵佔案，台南地檢署檢肅黑金專組檢察官鄭聆苓於6月30日展開大規模行動。南檢一口氣動員了11名檢察官及多個調查局單位，分進合擊前往台南、高雄共25處地點同步搜索。當時郭信良面對鏡頭還理直氣壯地高喊「坦蕩蕩」，隨即被帶回偵訊。
檢調單位查出，郭信良與黃姓女子被控從2018年到2022年間，共同侵占「政治獻金專戶」及「文教協會專戶」內的款項。這兩類帳戶在法律上規定必須「專款專用」，用於法定支出或公益用途，但檢調初步清查發現，資金流向不明的金額竟然超過1000萬元。
檢方在偵辦過程中，除了帶回郭、黃兩名被告，還同步傳喚了18名證人並扣得大量帳冊證物。檢察官認為兩人涉犯刑法「公益侵占罪」嫌疑重大，核心偵查方向正集中在該文教協會的資金來源，以及這千萬公款是否被挪用於特定政治活動或私人用途。
雖然法院裁定郭信良與黃姓女秘書交保，但南檢強調將持續擴大追查是否有其他共犯或相關資金外流。並且會在收到法院裁定郭信良交保的理由書後，研擬是否提出抗告。
