這起震驚全台的學甲爐碴案，時間跨度從2011年至2018年間。根據監察院調查，明祥馨公司自 2011年4月取得再利用機構資格後，該公司明明應該依規定將爐碴用於水泥原料或路基，卻被發現將大量爐碴直接填埋在學甲區大灣段的農地，甚至連將軍溪旁的農地也未能倖免。
監察院指出，明祥馨公司自取得資格後違規紀錄累累，從申報數量不平衡到非法堆置廠外，甚至在2015年就被發現將級配料填埋在工業區地下3公尺深處。但南市府環保局卻未能加強稽查，導致該公司持續肆無忌憚地將廢棄物往地下塞。
里長陳情被當「舊案」 裁罰權白白過期
2019年4月，學甲區大灣段里長在聯繫會報上大聲疾呼農地遭填埋爐碴，並附上照片檢舉。沒想到，環保局竟認為這是2015年的舊案已經處理過，未積極辦理開挖稽查。
直到台南地檢署介入偵辦，環保局才在2021年對行為人開罰。但這時早已過了3年的裁處時效。行為人提起訴願後，南市府訴願會隨即撤銷原處分，理由就是「早就過期了」。
監察院怒斥，南市府身為主管機關，竟因為行政疏漏導致對業者的懲處落空，確有嚴重怠失。
「法規改16次」成擋箭牌
面對監察院的調查，南市府向監委辯稱，事業廢棄物再利用管理辦法自2002年以來修正了高達16次，「法規一變再變，讓地方政府執行管理上無所適從」。
但監委調查顯示，經濟部早在2010年就修正公告，禁止爐碴與土壤直接接觸，更刪除了「工程填地材料」的用途，且當年就函送各地方政府知悉。
專家戳破謊言：路基哪有埋幾公尺深的？
南市府曾試圖以「公共工程規範沒規定填築深度」來解釋。但監院諮詢中華鋪面工程學會等專家，專家直言：合理的鋪面厚度頂多30到45公分，就算是高速公路也不會超過1公尺。而在學甲工業區開挖出的爐碴，動輒深達數公尺，這根本不是「鋪面工程」，而是徹頭徹尾的「非法填埋」。
監察院最後強調，台南市政府對轄內再利用機構負有核發許可與監督之責，卻在學甲爐碴案中表現得荒腔走板，不僅坐視環境遭破壞，更在事後百般諉過，因此依法提出糾正，要求行政院轉飭所屬確實檢討改善。
對此台南市政府表示，已逐步落實具體改善強化稽查機制，制定再利用產品查處SOP，並執行雙軌深度稽查（包含不定期主動稽查與定期聯合深度稽查），強化與中央橫向聯繫。
其次，市府也運用科技與民間力量，以無人空拍機 (UAV) 巡查死角，並整合國土監測系統與民間巡守隊情資以即時預警。另同步精進採證專業，受理陳情時會同現地確認，並導入地電阻或透地雷達等科學儀器完備調查，且擴大追查產品最終流向，嚴防隱匿填埋情事再次發生。
