爭議的核心之一在於佛學會高達 2,500 萬元的「十方法財」。多傑仁卿指控，理監事會成員在去年 9 月另開帳戶，將原本帳戶內的 2,500 萬元提領到僅剩 7 萬元，形同「結夥搶劫」。理監事會則發聲明反駁，指因多傑仁卿拒不交出「銀行大章」，導致資金無法動支，為了保護資產安全及處理印度寺院匯款，才依法另行開戶並委託專業會計師管理。
在房產方面，位於新莊的佛學中心現址登記在多傑仁卿名下，亦為他在北部的主要居所。然而理監事會主張該房產為信眾捐款購置，過去因佛學會尚未取得法人資格而辦理「借名登記」，如今已依法推動升格為「社團法人」，故要求多傑仁卿簽署信託契約並轉回法人名下，不再依附個人，確保資產安全與永續經營。多傑仁卿則強調，該房產由他個人負責貸款並自費償還利息，指控對方是以「法人化」為藉口騙他簽署信託契約，意圖奪取房產並強迫他搬離中心。
組織合法性：選舉無效與會員洗牌指控
雙方針對佛學會的治理合法性各執一詞。多傑仁卿多次於社群平台發文指出，內政部已裁定第六屆理監事選舉無效，目前的理監事會僅屬「看守內閣」，無權處分重大資產。他更進一步指控理監事會為了操控選舉，大量剔除 33 名資深老會員，並灌入 50 名「人頭會員」。
對此，理監事會去年曾二度發出公告強調，佛學會之運作仍具合法性，並持續向內政部申請推動法人化。第五屆理事長亦透過聲明澄清，理監事會換屆交接時，多傑仁卿也同意第六屆理事長接任，如今卻反過來質疑其合法性，令人遺憾。
除了財產糾紛，多傑仁卿的宗教身分與戒律問題亦成為爭議焦點。理監事會成員指出，衝突起因是多傑仁卿與特定女弟子有不正當男女關係，多名法友對此感到失望與憤怒，第九世康祖法王亦曾指示若無法斷絕關係則不應再穿僧袍。多傑仁卿則透過社群全面否認「破戒」指控，稱其為「精心設計的圈套」與黃色謠言。他主張其手機遭到熟人行竊並變造內容，一切指控皆是為了逼他讓出房產與住持位置的抹黑手段。
司法介入 理監事會成員獲不起訴
目前雙方的紛爭已演變為多場官司。多傑仁卿對理監事會成員提起偽造文書、侵占、妨害秘密及毀謗等告訴。其中多傑仁卿控告理監事會成員侵占佛學會名下銀行存摺，該案在去年 12 月已獲台北地檢署不起訴處分。檢方調查發現，多傑仁卿雖聲明退出佛學會，卻仍把持銀行大章不交出，導致資金凍結。理監事會只能另開新戶並將款項轉移至新帳戶，用於支付印度札西炯寺院的工程款、尼泊爾佛像款項及律師與會計師之專業費用，款項流向明確且皆用於佛學會之法定用途，並無「不法所有之意圖」，因此裁定不起訴。
此外，關於多傑仁卿指控卸任理監事會成員偽造會員大會選舉紀錄，北檢也已於今年 2 月做出不起訴處分。檢方認為，相關會議紀錄雖由志工製作，但多傑仁卿當時對選舉結果並無異議且親自交接印章，難認被告有偽造文書之故意。
截稿前記者致電多傑仁卿，他強調偽造文書雖然刑事已獲不起訴，但民事部分仍在訴訟中。侵占以及房產爭議細節較複雜，先前已在個人社群回應。他表示自己一向低調處理，不願隨之起舞，一切交由司法判定。 這場涉及千萬資產與宗教名譽的風暴，短期內恐難以平息。
