北檢以四大犯罪事實起訴柯文哲，且具體求處28年6個月有期徒刑。四大犯罪事實如下：
第一，護航京華城提高容積獎勵部分，涉嫌收受沈慶京賄款1710萬元，使京華城容積率由560%增至840%，被北檢依違背職務收賄罪起訴；涉嫌違法核定容積獎勵，使威京集團獲取約121.5億元的不法利益部分，則被依圖利罪起訴，兩罪具體求刑15年。
第二，利用個人名義涉嫌公益侵占政治獻金以及部分，包括侵占謝國樑母親等3人捐給民眾黨的600萬元政治獻金；以肖像權授權金為名，挪用1500萬元政治獻金到木可公司，以及贊助邱復生的電影公司拍電影。合計2324萬餘元。
第三，利用木可公司名義侵占政治獻金部分，包括將募款小物匯款帳號設為木可公司帳戶、募款演唱會盈餘直接匯進木可公司以及用木可公司名義收受300萬元政治獻金等，合計侵占4510萬餘元，依公益侵占罪起訴並各求刑5年、6年。
第四，指示眾望基金會支付13位競辦員工薪資，包括民眾黨時任秘書長周榆修、發言人戴于文等13人，平日負責處理選務及黨務工作，但自2022年12月到2024年8月的薪資，均由眾望基金會支付，共827萬餘元。檢方依背信罪嫌起訴柯文哲並求刑2年6月。
台北地院審判長江俊彥今宣判後指出，柯文哲、沈慶京涉犯違背職務行收賄罪，主因210萬元部分具對價關係，本質屬「前金後謝」，強調金額多寡非定罪關鍵。江俊彥強調，法律重視對價關係的成立，此部分事證明確，足以認定犯罪事實。
至於外界關注的「1500」部分，江俊彥指出，該部分性質屬「供述證據」，依《刑事訴訟法》第156條之2規定，被告審判外不利於己之陳述，不得作為有罪判決之唯一證據。在缺乏其他補強證據支撐下，法官依法不能僅憑供述認定犯罪事實，故未納入定罪範圍。
