同志諮詢熱線協會表示，高度同意國防部、內政部基於國安考量，進行國防與替代役人力的政策規劃與調整。不過跨性別女性、間性人之體位標準規定的修正，不僅未能回應這項政策之所以變動的人力擴編需求與目標，反而將造成這群當事人的極大身心健康壓力，與遭受歧視、暴力的高度風險。
同志諮詢熱線協會說明，現行替代役制度的實務運作，在新訓期間管理模式高度與一般軍營相似，採取集體住宿、軍事化管理的生活模式，實務上預設所有替代役皆是「男性」來進行管理，跨性別者將被迫塞入「男性框架」。
同志諮詢熱線協會指出，若已使用荷爾蒙的跨性別女性，在胸部發育等身體變化後，恐將面臨兵役期間的大通鋪寢室、時間不足時的更衣與共浴，被迫暴露身體。對跨性別女性與部分間性人而言，如此長時間的男性集體生活與有限隱私的高壓情境，將導致性別不安惡化與解離、憂鬱等心理症狀。
同志諮詢熱線協會認為，在陽剛文化強烈的環境中，更將承受嘲笑、排擠、霸凌、性騷擾乃至性暴力的高度風險；而倘若結束新兵訓練期間後的分發單位，仍為陽剛文化強烈、高度軍事化管理的單位，如警察、消防等，這樣的高度身心健康壓力仍會持續存在。且在役期中遭遇的歧視、羞辱或暴力經驗，也可能在退伍後以創傷後壓力、信任感喪失與社交退縮等方式，持續影響身心狀態。
同志諮詢熱線協會建議，本項政策修改過程高度涉及跨性別與間性人的生活處境，國防部、內政部應積極邀請跨性別與間性人主體、相關民間團體進行諮詢與討論，尋求適切解決方案；而非未徵詢民間團體意見，就直接進行決策。
尤其19年來因性別認同不一致而免役的人數，每年僅75.4人，比例其實非常低。因此，同志諮詢熱線協會也呼籲國防部與內政部在蒐集意見的過程中，應正視跨性別與間性人的實際處境，盼跨性別與間性人不再被排除於政策設計之外，而是被視為值得傾聽與尊重的公民。
