中檢於事故發生後，隨即指派專案小組親赴現場履勘並指揮警消進行鑑識，查明起火點位於該廠房地下1樓，原因為上方樓層施工時掉落的火星引燃了現場鋪設的大量易燃材料「PS板」（聚苯乙烯泡沫塑膠）所致。火勢迅速蔓延並產生大量濃煙，導致9名本國籍及越南籍移工，因高溫濃煙造成呼吸衰竭或燒灼傷而不幸死亡。
檢方比對相關契約、施工圖與證詞後查出，本案工程採平行發包架構，由全聯公司工程科技部統籌協調與管理。然而，全聯公司工程科技部、互益公司及新菱公司等相關承辦人員，均明知本案工程地下1樓已鋪設大量易燃PS板，且上方樓層管道間存有直通地下1樓的孔洞縫隙，屬於極易引起火災的危險場所，存在高度危險，卻均未依法設置防止火災危害應有的必要安全衛生設備及措施。
檢方調查認為，包含全聯工程科技部施姓最高主管、唐姓副理及朱姓專案承辦人，互益公司靳姓工地主任，以及新菱公司藍姓現場負責人等管理階層，都疏於注意未落實動火作業管制，也沒有要求廠商調整工序或採取必要的防護，導致慘案發生。
起訴書指出，去年12月19日上午，新菱公司為趕工由監工即陳姓主任工程師在未申請動火許可情況下，指示下包商紋禕工程行員工在管道間使用氧乙炔進行切割樓板作業。
因現場防護措施極為簡陋，僅由新菱工程師撿拾工地內的矽酸鈣板及木板拼接覆蓋在地下1樓PS板上。進行切割作業時，陳姓與黃姓施工人員也疏未依照規定使用防火毯遮擋火星；現場安衛巡檢人員雖發現有等違規情事，卻疏未要求他們立即停止作業並進行改善，因而導致高溫火星沿管道間縫隙掉落至地下1樓，引發不可挽回的災難。
