針對徐巧芯指控，食藥署今回應，預防性下架20%比例，是7月4日召開專家會議充分討論後的專業建議，完整會議紀錄已於食藥署官網對外公開，相關資料與錄音檔均已提供司法機關，該貼文內容指下架20%之比例為「總統指示」，與事實明顯不符。
另外，食藥署強調，衛福部食藥署姜至剛署長與案件相關人士互動良好之說法，純屬子虛烏有，雙方並不相識，完全是刻意拼湊、惡意連結及散布不實訊息，對於散布不實資訊、損害機關公信力及同仁名譽之行為，衛福部已著手蒐集事證，必要時將依法提告，追究相關法律責任，絕不姑息。
法務部表示，法務部秉持對於具體個案不干預、不介入、不指導之原則，充分尊重台中地方檢察署檢察官偵辦中聯油品致癌物之職權行使。
法務部指出，徐巧芯的臉書貼文諸多純屬臆測、子虛烏有之內容，嚴重誤導輿論，特此嚴正駁斥，以正視聽。
對此，徐巧芯最新回應，針對毒油案偵辦過程中，疑似有法務部相關人員將尚在偵查中的案件內容洩露給特定媒體，甚至可能藉由媒體操作影響案件偵辦，他已正式提出刑事告發，「有明確的告發對象與事證」。
徐巧芯說，偵查不公開不是口號，更不能淪為選擇性辦案、放話帶風向甚至操控辦案方向的工具。後續偵辦及開庭過程中，所有涉及洩密、傳遞訊息、接觸案情、介入偵辦的相關人員，她都會要求逐一傳喚、查明責任。
徐巧芯強調，「司法公正，不容黑箱；毒油案真相，必須追查到底。民進黨政府不承認的，在法院說清楚。」
