卓榮泰今上午出席「2026行政院生技產業策略諮議委員會議」開幕式，會前受訪時談到南部淹水災情時說，中央有跟台南市長黃偉哲通過電話，那麼一開始，包括爆炸事件的影響範圍還比較小，但漸漸雨勢越來越大，各地積水狀況也紛紛向中央來申報。
卓榮泰指出，以前歷次的無論是颱風、水災，都有一定的補助的標準跟程序，只是現在基於立法院刪減預算的結果，這幾天只能用電話來跟地方聯繫，「那將來我還是會克服各種的困難，到地方去看看目前的狀況。」
卓榮泰說明，但因為現在雨勢很大，交通狀況不見得能夠完全到達，而且他們現在第一時間去，會對現場狀況造成不便，希望等到一切安定下來之後，也希望地方收集完整的各種受災情形，能依據過去既有的規定、標準辦法，跟中央好好的來談，「我們儘速來協助地方。」
媒體追問，會不會認為南部的治水經費太少？卓榮泰強調，治水經費過去有一定的標準跟程序，明年也編了500多億的治水經費，過去也都有。至於災損金的方面，他也希望能夠充分運用，在今年預算審完之後，還有一些災損準備可以應用，「我們不會讓災民孤獨，我們一定會儘速地跟地方政府來達成一致。」
