孫其君剛出道時拍攝梁文音〈情人知己〉MV，後來被拍到騎機車載梁文音前往獸醫院接小狗，戀情曝光，交往3年期間分分合合，曾傳出是因男方異性緣佳，讓女方沒有安全感，在2014年初正式分手。
後來孫其君與合作《我的自由年代》林舒語傳熱戀，被拍到深夜在女方住處待到凌晨4點；同時孫其君也被拍到與小模張翎翎約會。但當時孫其君與林舒語經紀人都否認交往，表示只是去對方家裡玩。2015年孫其君演出《軍官‧情人》，則與劇中CP林珈安也被拍到一同出入住處，且手牽手散步聊天。
與郭雪芙合資拉麵店慘淡收場 孫其君分手陷低潮
2019年孫其君與郭雪芙合作《我們不能是朋友》假戲真做最為轟轟烈烈，並傳出孫其君當時有一名交往中的中國籍女友，讓郭雪芙無端成為小三。孫其君與中國女友分手後，繼續與郭雪芙交往，還一起投資拉麵店，但最後拉麵店慘淡收攤，孫其君賣中古車買鑽戒想向郭雪芙求婚，但郭雪芙發聲明切割，表示自己感情狀況單身，雙方不歡而散。
孫其君與郭雪芙分手後，演藝事業也陷入低潮，曾低調轉行兼職跑外送，及擔任外語家教。近期重返螢光幕主持節目，不諱言有交往對象，至於對象曝光是網紅知知，經紀人則回應：「謝謝大家關心，感情屬於較私人的部分，公司不會特別回應相關細節。其君現階段正專注投入節目主持與電影拍攝前期訓練，也希望大家能多多關注他接下來的作品，謝謝。」
