國安局自2024年11月起，即動員全局人力，主動依現行「政治檔案條例」及國發會檔案局「政治檔案審定原則與重點」，分兩階段全面自主清查民國81年以前(包含戒嚴時期) 全部檔案。
第一階段，清查國安局1992年以前所有檔案，總計2萬3757卷，共56萬6415件，並將清查結果及目錄造冊送國發會檔案局審定在案，經該局於去年6月審定為政治檔案者，共計1369卷、5萬1133件。
第二階段，針對國發會檔案局審定的5萬1133件政治檔案，國安局以人工方式，採逐卷、逐件、逐頁檢審，並進行檔案解密及掃描作業。國安局已將前述1992年以前政治檔案全數解密，並依規定公開檔案所有內容，不予遮蔽。
國安局表示，實體檔案經封裝成94箱，連同電子影像檔分批送交國發會檔案局，並於今日全數移交完畢。此次解密移交檔案內容，涵蓋戒嚴時期保防安全工作制度、情報機關偵保防業務資料、反動文化出版品與黑函調查、國人入出境管制、海外台獨團體活動、叛亂案件人員資料與判決書等檔資。
國安局在自主清查檔案過程中，亦針對部分歷史檔案是否曾遭銷毀乙事，進行逐卷、逐件檢視。然早年檔案由承辦人員「併卷」歸檔，「卷」內並無逐「件」檔案登載文號，導致無從判斷當年檔案資料是否曾遺失或遭銷毀。
國安局指出，政治檔案開放對真相調查、還原歷史及促進社會和解，具有高度重要性。賴總統去年出席「二二八事件78周年中樞紀念儀式」致詞時，指示政府應加速政治檔案開放，追查歷史真相。
國安局強調，故依照局長蔡明彥「面對歷史、還原真相」及「1件不留、1字不遮」指導原則，進行本次戒嚴時期政治檔案的清查解密及移交作業，期盼將台灣民主發展脈絡，以及國家歷史記憶永續傳遞，並展現國安局「服膺憲法」、「依法行政」的工作信念。
另外，2000年至2024年10月期間，國安局即已配合國發會檔案局辦理8批次檔卷清查移交，加上本次自主清查作業，總計已解密並移交國發會檔案局1871案、4685卷、14萬758件檔案。
